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PCR实验室在空间布局上分为试剂准备区、样品制备区、扩增区和扩增产物分析区四个单独的工作区域，并设有专用走廊，以及缓冲区。
PCR实验室的装修，墙壁、顶板和地板应光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和消毒剂的腐蚀。不得在实验室内铺设地毯和窗帘。地面采用PVC塑胶地板，墙体围固要气密性良好，墙体、天花板、地面所有的阴角、阳角都需要圆弧处理。
PCR实验室净高宜为2.5米-2.7米，走廊净宽宜为2.5米-3.0米。PCR实验室安装净化门，自带闭门器，采用传递视窗，保证气密性，以防外界污染物的进入。
为避免各个实验区域交叉污染的可能性，采用全送全排的气流组织形式，严格控制送、排风的比例以保证各实验区压力要求。实验室的气流应从扩增前区流向扩增后区，不得逆向流动。实验室应选用净化灯具，保障电力供应，同时应设应急照明装置。
实验台柜和座椅采用稳固的全钢实验台，边角圆滑处理，柜门抽屉带阻尼，三段式自动闭合，台面采用防水、耐热、耐有机溶剂、酸碱、消毒剂的实芯理化板或者环氧树脂板。
此外，PCR实验室内每个房间的所有进、出风口均需加装相应的设备或装置。具体的装修建设规范则需要根据使用场景以及当地的规范，而有所不同。
