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在建设无菌实验室的时候，应选择坚固耐用、易于维修、清洁，并且能够防止实验样品污染。同时为了防止实验过程出现污染的情况，还应设置专用的人员通道运输物料，同时还需要设置专门的通排风管路，传递窗，和专用门窗，以此来满足无菌实验室的各项需求。
无菌室应分为内间和外间，内间为无菌室，外间为缓冲室。
无菌实验室的建设应按照相应的规范标准进行，保证人身安全、环境安全、实验安全来进行。
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