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一、标准的三区分隔和气压调节
将PCR过程分成试剂准备、标本制备和PCR扩增检测三个独立的实验区，整个区域有一个整体缓冲走廊。每个独立实验区设置有缓冲区， 通过气压调节，使整个PCR实验过程中，试剂和标本免受气溶胶的污染并降低扩增产物对人员和环境的污染。
PCR实验室可以是分散形式，也可以是组合形式。完成一组PCR实验，通常应经过试剂配制、样品处理、核酸扩增及产物分析四个实验过程，若实验工艺需要，还应增加样品粉碎过程。
进入实验室区域工作人员应该按照以下路径：
公共清洁区——更衣间（更换洁净服）——缓冲间——污染实验区
工作人员退出实验室的路径为：
污染实验区——缓冲间——淋浴间（有条件的可设置）——更衣间——公共清洁区
二、PCR气流组织设计
1、原始试剂混配室应为正压间，在微环境百级超净台内操作，须防止其它程序功能间对本操作间的污染。
2、DNA提取室应为微负压间，须设置排风系统，以防止核酸提取时可能产生的气溶胶对人员的侵害和对其它程序功能间的扩散污染。
3、PCR扩增室应为微负压间，须设置排风系统，以防止大量扩增产物对其它程序功能间的扩散污染。
4、检测室应为微负压间，须设置排风系统，以防止扩增产物在电泳测序过程中的扩散污染。同时因3130分析仪散热量较大，会提高室内温度3-5℃。
5、试剂混配室、DNA提取室、PCR扩增室、检测室如设置缓冲间，功能间内可均为正压，而在缓冲间内设置负压，气流从其双道门的门缝处分别向缓冲间内流动，用合理的气流组织方式避免各功能间的交叉污染。
三、PCR实验室压差设计
PCR实验室应设计为负压洁净室，通过压差控制，使整个PCR实验过程中试剂和标本免受气溶胶的污染，并且降低扩增产物对人员和环境的污染。
各个实验室与非洁净区之间的闸间保持正压，＞10Pa，实验与闸间之间的气流组织方向为：试剂准备区空气流向闸间，标本制备区流向闸间，而PCR扩增区气流方向由闸间流向PCR扩增区，纯化区同理。
同时按照试剂单向流方向，各个实验室之间设计不同压力梯度来实现单向气流组织方向，由试剂准备区（+20Pa）、标本制备区（+15Pa）、扩增反应一区（-5Pa）、纯化区（-10Pa）、扩增反应二区（-20Pa）、到后纯化区（-25Pa）压力逐渐降低，形成单向负压压力梯度。
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