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在选择生物安全柜之前，对实验中的生物危害进行全面的风险评估，以确定所需的保护级别，并据此选择合适的生物安全柜。
根据实验室的生物安全级别，选择相应级别的生物安全柜。例如，一级实验室一般无须使用生物安全柜或使用Ⅰ级生物安全柜；二级实验室可能需要Ⅰ级或Ⅱ级生物安全柜；三级实验室应使用Ⅱ级或Ⅲ级生物安全柜；四级实验室应使用Ⅲ级全排风生物安全柜。
Ⅱ级生物安全柜分为A型、B型、B2型、B3型，其中B2型为全排风式生物安全柜，没有空气在安全柜内循环，可同时提供基本的生物和化学防护。
生物安全柜应避开门窗、送风口和人员频繁走动的位置，设置在实验间气流的下游。生物安全柜等有敞开操作口的安全隔离装置应设置在实验室排风系统附近，并远离房间门。
环境与设施要求：
生物安全柜的工作环境应为10~30℃，相对湿度小于75%。
设备应安装在不能移动的水平面上，并且必须安装在靠近固定电源插座处。
在没有连接外排系统的情况下，其顶部距离房间顶部障碍物至少200mm距离，后面与墙面间隔至少300mm距离，以利于外排气流畅通和安全柜的维护。
为了防止气流干扰，生物安全柜不得安装在人员往来的通道中，并且不得使生物安全柜滑动前窗操作口正对实验室的门窗或靠门窗太近，应远离人员活动、物品流动及可能会扰乱气流的地方。在高海拔地区使用生物安全柜时，安装后必须重新校正风速。
定期对生物安全柜进行计量校准，确保其性能符合要求。校准项目包括安全柜整体及HEPA过滤器的泄漏检测、气流速度的校准、负压/换气次数的校准、气流稳定性的校准、报警和自动控制系统的校准、紫外线强度的校准以及震动测试等。
通过合理的选择和布局，可以确保生物安全柜在实验室中发挥最大的作用，保障实验室的生物安全。
